Ngày mùng 1 tháng giêng (Tết) năm Tân Vì (17/2/1931), Ngài thượng sớ lên Đức Chí Tôn Ngọc Hoàng Thượng Đế để minh chơn lý, đối với Chư quí vị hướng đạo tại Tòa Thánh Tây Ninh, từ ngữ “Minh Chơn Lý” có nghĩa là “Biện phân Tà – Chánh , vì lẽ ấy mà Đức Lý Đại Tiên (Lý Thái Bạch) đã vưng lời Đức Chí Tôn giáng cơ cho ra quyển “CHÁNH TÀ YẾU LÝ”. Bắt đầu từ đó Ngài không còn giao thiệp với Chư hướng đạo Tòa Thánh Tây Ninh nữa và cũng từ ngày ấy mở ra Đệ Nhị Tiểu thời kỳ của Tam Kỳ Phổ Độ, được thực hiện bằng việc thành lập Tòa Thánh Trung Ương Định Tường (Mỹ Tho) từ năm 1932 đến năm 1937, cũng nên nói thêm rằng chiếu theo Thiên ý thì Đạo (Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ), phải có đủ ba tiểu thời kỳ vận chuyển gọi là Tam Tiểu Thời Kỳ.
a.- ĐỆ NHỨT - TAM TIỂU THỜI KỲ :
Từ năm 1926 đến năm 1931, nhưng mới đến năm 1929 thì Ơn Trên đã quay cán bút về Cao-Thiên đàn Kiên giang (Rạch giá) rồi.
b.- ĐỆ NHỊ - TAM TIỂU THỜI KỲ :
- Từ năm 1929 đến năm 1932 : Lệnh Cơ chuyển về Kiên giang (Rạch giá)
- Từ năm 1932 đến 1937 : Ơn Trên dạy lập Tòa Thánh Trung Ương (Mỹ Tho) Minh Chơn Lý.
c.- ĐỆ TAM - TAM TIỂU THỜI KỲ :
- Từ năm 1932 đến năm 1937: Thành lập Tòa Thánh Định Tường (Chơn Lý), có Nhị vị Chưởng Quản Cữu Trùng đài và Chưởng Quản Hiệp Thiên đài.
Trong bài Thánh ngôn sau đây, Ơn Trên giải thích ý nghĩa Tam Tiểu thời kỳ trong Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ như sau :
Vô Vi Hiệp Thiên Đài, Ngày 27 tháng 12 năm Mậu Dần (1938)
ĐƯỢC, Con nghe Thầy dặn:
Kể từ ngày Thầy đem con ra hành đạo đến giờ thì đã đặng một năm. Thầy thường nói với con trong kiếp Mậu Dần (12 năm sau Bính Dần (1926) khó khăn nhiều nỗi, song con không rõ kiếp Mậu Dần là bao lâu? Cũng còn nhiều đứa chưa hiểu như con là khác.
Đây, Thầy chỉ cho con nghe:
1.- Từ lúc Thầy khai Đạo tại Tây Ninh, rồi chuyển đến Kiên giang (từ 1926 đến 1929) : Đó là Tiểu Kiếp Trạch Thành. CA lên làm Chưởng Quản với PHÙNG.
2.- Rồi từ Nhâm Thân (1932) lập Thánh Tòa, Đó là Lập Trung Như Tuần Đại Kiếp là một cơ bí mật, bực hiền khó mà quyết đoán.
3.- Đặng đem qua Mậu Dần là Đại Thành Đại Kiếp, vì từ Mậu Dần đây kể tới năm Đinh Hợi, đó là gối đầu chữ Mậu, ấy là một kiếp Mậu Dần là vậy, gọi là Thập Can, trong đó có Thiên Can, Địa Sát ở lẫn lộn theo nhiều, đặng khuấy đời, phá tục …
d.- THỜI KỲ MINH CHƠN LÝ : “Nhị vị Chưởng Quản CA – PHÙNG trong cuộc Minh Chơn Lý, lý do là Ngài Nguyễn Văn Ca hướng đạo ở Mỹ Tho, trong hàng Tín hữu ai ai cũng có quyển Kinh CHÁNH TÀ YẾU LÝ. Trong quyển Kinh nầy Đức Lý Đại Tiên chỉ rõ đâu là QUYỀN, đâu là LÝ. QUYỀN về phía TÀ; LÝ về phía CHÁNH. Đức Lý Đại Tiên cũng có để lời khen Ngài Nguyễn Văn Ca.
Ngày 14 và 15 tháng 4 năm Tân Vì (30-31/5/1931) tại Mỹ Tho, có tổ chức ngày Đại Lễ Minh Chơn-Lý và thời kỳ Minh Chơn lý nầy kéo dài đến năm 1937 thì mãn hạn. Cũng trong năm Tân Vì có mở An-Thiên Đại-hội kỳ nhứt vào ngày 17 và 18 tháng 6 năm Tân Vì (31/7 và 1/8/1931). Trong thời kỳ nầy Thầy cho Đức Phật Bữu An Thiên giáng trần mượn xác Ngài Nguyễn Văn Ca và Thầy phán rằng:
“Ca vốn là An-Thiên La-hán phái. Cuộc lập An-Thiên nầy trách nhậm nơi con, hầu trừ quỷ vương phá rối đại cuộc AN THIÊN ĐẠI HỘI”.
Thầy phán tiếp :
“Ca vững lòng chớ vội phiền ai
Muốn nên danh cả chí trai
Bền gan sắt đá chớ hoài công phu…”
Cuộc nầy Thầy còn bủa thêm Cữu-hà Khúc. Thầy phán rằng :
“Lập An Thiên Đại hội Tam Giang Thủy Long Hồ, Tam Bình Thủy, Tam Xuyên Thủy, Thất Đẩu Cuộc non cấm làm nền. Ngũ hành Tòa Tam Tôn làm gốc.”
------------------------------------------
[Bài Thánh giáo nầy Thầy có giải nghĩa cho Ông Phối sư Nguyễn Văn Hanh học và có in trong quyển Kinh Đuốc Chơn Lý số 40 trương 151].
Cuộc Thầy lập An Thiên Đại hội năm Tân Vì (1931). Trong thời kỳ An Thiên Đại hội khai giảng thì hai ông AN và ĐÂY toan phá rối cuộc của Thầy lập, bằng cách dẫn một số Đồng-tử lên núi Cấm cất một Thánh Thất, minh danh là Cao Đài Tự, tập luyện Đồng tử, cầu cơ chấp bút không phù hợp với Chơn lý và gởi các bài ấy về Hội Thánh Mỹ Tho và cho in chung trong quyển “Chuyển Mê Khải Ngộ”. Nhiều bài không đúng với đường lối hành đạo mà Ơn Trên đã giáng dạy cho Hội Thánh Chơn Lý, nên Hội Thánh bác bỏ.
“…Công dụng, công tâm trừ quỉ mỵ
Giáng Đàn chấn chỉnh cuộc An Thiên…”
Nhờ Thần oai của Ngài mà kế quỉ không thi thố được. Sau đó Thầy mới Ngự Đàn và ban cho bài Tam kỳ Thánh huấn tức là bài “Lịch sử của Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ” vậy. Trong Đàn cơ nầy Thầy có xưng danh như sau :
NGỌC là vật báu của Trời sanh
HOÀNG bút châu phê chữ đã rành
ĐẠI cuộc An Thiên rồi kỷ niệm
ĐẾ ân truyền xá kẻ làm lành.
Trong Đệ Nhị Tiểu Thời kỳ nầy, Thầy có phong chức cho 7 vị Đại Thiên phong đứng ra làm rường cột cho Đạo, gọi là Thất Vị Tôn chứng, gồm quí vị :
CA, PHÙNG, KIÊN, NHƠN, TÚ, PHẤN và TÀI, mỗi vị phải kiêm nhiệm hai hoặc 3 chức do Thầy ban như sau :
- Ngài Bữu An Thiên là An Thiên La-hán phái, Thái Đầu Sư, Chưởng Quản Cữu Trùng đài và Ngài phải kiêm nhiệm luôn chức Tứ Bửu và Đông Thiên Sư thay thế Ông NHƠN.
Mỗi khi Ngài đi hành lễ thì Ngài thường mặc bộ đồ Thái Đầu Sư, vì có lời Thầy dạy như sau :
“...CA, trách nhậm công dày sức nhọc
Dám liều mình xông đột đạn tên
Công phu con thiệt rất bền
Gánh lời nặng nhẹ, chẳng rên, chẳng phiền.
Công con Thầy có chép riêng
Thánh Thần, Tiên Phật cũng biên rõ ràng
Công con đó bảng vàng ghi tạc
Thầy đã sai Bạch hạt xướng tên
Đầu sư Phái Thái công đền
Vai làm Anh Cả đứng trên Trùng Đài.
Làm sao cho rõ chí trai…”
Thầy có quở hai ông An, Đây như sau :
“…Thất Đẩu cuộc tình hình đã hoại
Vì AN, ĐÂY làm sái lịnh Thầy
Chẳng cần đợi lịnh, đợi ngày
Vừa nghe bàn định chớp tay làm càng
Con ôi quỉ kế đa đoan
Lộn xen chút điển thấy tan hoang rồi…”
Như vậy từ năm 1932, Thầy đã lập Đệ Nhị Tiểu Thời Kỳ và cho ban hành QUI ĐIỀU có 15 khoản và kỷ luật có 21 mục.
Trong khoản số 3 của qui điều, Thầy dạy Ngài Bửu An Thiên như sau :
“CA Chưởng Quản Cữu Trùng Đài, phải lo sắp đặt người cho có thứ tự, sau Thầy sẽ duyệt phê cho. Con nên nhớ rằng Chức Chưởng Quản Cữu Trùng Đài của Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ rất quí báu và lớn hơn bực Đế vương nào hết, nghe không con? Mặc ý con muốn nghe theo Thầy để cứu vớt nhơn sanh trên sông mê bể khổ hay là nghe theo ai đó, mượn danh Thầy, cậy danh con để phá Thầy và hại chúng sanh thì nghe, Con phải sợ những đứa đã Chơn lý mà còn nghe theo quỉ vương !!”
Hai năm sau, năm Quý Dậu (1933), Thầy lập An Thiên Đại hội Kỳ nhì, kỳ nầy Thầy cũng biết kẻ dữ cũng toan phá rối như kỳ nhứt nữa, nên Thầy định cho Đức Khương Thái Công xuống trước, với món báu là Thái-Cực Đồ. Đức Khương Thái Công giáng cơ, xưng danh như sau:
KHƯƠNG từ lãnh mạng hiệp Chư Hiền
THÁI cực đồ dùng báu tự nhiên
CÔNG dụng công-tâm trừ quỉ mỵ,
GIÁNG Đàn chấn-chỉnh cuộc An-Thiên.
Trong Đệ Nhị Tiểu Thời kỳ nầy, Thầy ban cho Đạo Trưởng NGUYỄN KỲ PHÙNG chức Chưởng Quản Hiệp-Thiên Đài, với đoạn trường thiên như sau :
“…Chức Chưởng Quản phải cần học hỏi
Bảy Chơn Như lộn cỏi trần gian
Hạ mình con phải hỏi han
Rước về làm bạn, Đạo càng thêm cao…”
Nhưng Đạo Trưởng Phùng, Chưởng Quản Hiệp Thiên đài chỉ lo việc ích lợi riêng cho mình, cho nên tìm không ra 7 Chơn-như. Vì vậy, Thầy có giáng cơ nói việc nầy như sau:
“…Có người cầm chỉ Nam châm
Nào sa bể khổ, đâu lầm bến mê..”
Năm Bính Tý (1936), nhơn ngày đại Lễ An Thiên (17-18 tháng 6 Bính Tý)
Tại Cao Thiên Đàn, Kiên giang (Rạch giá). Thầy cho ra bài PHỔ ĐỘ KIÊN GIANG, trong đó cho nhơn sanh biết rằng: “Thầy không cần cây chỉ Nam châm” (là Đạo Trưởng Phùng) đó nữa và Thầy phán như vầy :
“…Thuyền Chơn lý buông lèo lướt sóng
Giữa dòng khơi một bóng trăng thanh
Trên Trời, dưới nước mông mênh
Đừng sai lạc hướng, phải nhìn vào đâu?
Thình lòng một dạ trước sau
Chăm theo Bắc Đẩu, khỏi cầu chỉ Nam…”
Còn Đạo Trưởng Phục Hổ La-hán, cũng không hiểu phải làm cách nào cho ra vai tuồng và nhiệm vụ của một vị Phục-Hổ Đạo Trưởng. chỉ lo sao cho mình có danh, đặng ai ai cũng nể sợ và cúi đầu sùng bái dưới cái danh và cái quyền của Đạo Trưởng.
Bởi thế, trong bài Phổ Độ Kiên Giang, Thầy có phán như sau :
“…An Thiên hội một bài dạy rõ
Ai xui con họa hổ bất thành
Tại sao ham muốn phù danh?
Bạn hiền đâu khứng, đem mình giúp con
Làm người khuyên chớ bôn chôn
Kìa kìa vực nổi nên cồn mấy hơi.
Đừng muôn việc cứ Trời mà đổ
Tạo hóa nhi hỉ nộ không chừng
Nghe Trời thì được vui mừng
Nghịch Trời, Trời phải dậy bừng sấm oai.
Mảy lông Trời chẳng lọt sai
Đừng ai nói giỏi, khoe hay mà lầm…”
Trong lúc đó, chỉ có một mình Đại Đức Bữu An Thiên biết chỗ sai mà sửa chữa lại. Vì vậy mà trong Đệ Nhị Tiểu thời kỳ, cũng trong bài Phổ Độ Kiên Giang, Thầy có dạy như sau :
“…Trẻ hối ngộ Thầy mừng cho trẻ
Có duyên xưa gặp kẻ giúp tay
Gặp duyên đã gọi rằng may
Gặp duyên bền chặc, không Thầy đố nên,
Gặp duyên phải giữ cho bền
Cho bền vững gót đứng trên Trùng Đài…”
Ngài Bữu An Thiên, quyết tâm theo Thầy thành lập Chơn lý cho nhơn loại nhờ; Ngài không nại gì sự lao khổ cực nhọc, ráng làm cho xong danh phận Tam Tài, Trời che, Đất chở, Ngài thường quên mình vì Đạo, biết có người mà chẳng biết có mình. Gánh nặng Thầy trao Ngài không hề ngã lòng thối chí. Ngài thường nhắc câu thơ do Ơn Trên ban cho Ngài như sau
“…Xuống trần thế phải ra công nhọc
Lãnh riêng phần chăm sóc chúng sanh
Lãnh phần chấp chưởng quyền hoành
Cầm cân phạt dữ, thưởng lành thế Ta
Cầm quyền Chơn lý giái ba
Chí Chơn, Chí Chánh, Vô Tà, Vô Tư…”
Cơ Đạo còn phải trãi qua một thời kỳ chót nữa, như lời Thầy có chú giải như sau :
“…Thầy giáng bút xưng A, Ă, Â
Là đầu dây Đạo mở Bính Dần
Con nguyền giữ trọn Chơn Thân
Thấy trong Tam Tiểu, Mậu Dần Luật ra
Trước Thầy chỉ chữ A là Một
Chữ Ă nầy Thầy cột Nhị kỳ
 là Tam tiểu Đạo qui
Ba rồi về một mối dây Đạo Trời…”